สำนักวิจัยของสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ ได้รับการจัดตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2509 พร้อม ๆ กับการจัดตั้งสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ สำนักวิจัยเป็นหน่วยงานกลางของสถาบันฯ มีพันธกิจสนับสนุนและพัฒนาการวิจัยของสถาบันฯ การบริการวิชาการ การบริการด้านแหล่งทุนวิจัย ซึ่งมีผู้อำนวยการสำนักเป็นกรรมการและเลขานุการกองทุนวิจัยของสถาบันฯ และดำเนินการเผยแพร่ผลงานวิจัยของสถาบันในรูปแบบต่างๆ เช่นการจัดประชุมวิชาการระดับชาติและระดับนานาชาติ
ปี 2555 สถาบันฯ ได้มีนโยบายให้สำนักวิจัยดำเนินงานด้านวิจัยเชิงรุก ผลิตผลงานวิจัยให้สอดคล้องกับความต้องการของสังคมและประเทศ จึงเห็นควรให้ปรับบทบาท ภารกิจและโครงสร้างสำนักวิจัยด้านการวิจัยให้มีความชัดเจนและแสดงถึงความเชี่ยวชาญเฉพาะ โดยมุ่งเน้นทำงานวิจัยในประเด็นต่างๆเพื่อแก้ไขปัญหาของประเทศและมีกรอบควบคุมคุณภาพงานวิจัย มีการประเมินคุณภาพจากผลการตีพิมพ์ในวารสารระดับชาติและระดับนานาชาติ เพื่อขับเคลื่อนสถาบันไปสู่สถานบันการศึกษาระดับสากล และเพื่อตอบสนองต่อยุทธศาสตร์การพัฒนาระยะยาวของสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ (พ.ศ.2551-2556) ในยุทธศาสตร์ที่ 6 การรักษาความเป็นเลิศทางวิชาการด้านหลักสูตรงานวิจัยและการบริการวิชาการที่มีความโดดเด่นและสอดคล้องกับความต้องการของสังคม สำนักวิจัยจึงได้แบ่งโครงสร้างการบริหารสำนักวิจัยใหม่ในปี 2555 โดยแบ่งกองงานวิจัยเข้ามาแทนฝ่ายวิชาการและจัดตั้งศูนย์วิจัยสิบสองศูนย์ภายใต้กองงานวิจัย
ศูนย์วิจัยผู้ประกอบการและนวัตกรรม(Center for Entrepreneur and Innovative Research) เป็นหนึ่งในสิบสองศูนย์ที่จัดตั้งขึ้นตามยุทธศาสตร์การวิจัยของสถาบันฯ ในปี พ.ศ. 2555 ในการพัฒนาและสร้างองค์ความรู้ด้านการพัฒนาผู้ประกอบการและนวัตกรรม เพื่อส่งเสริมองค์ความรู้ในการบริหารเพื่อขับเคลื่อนสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ให้เป็นมหาวิทยาลัยวิจัยในระดับสากล